Los discos duros en VirtualBox están registrados con un UUID que lo identificará de forma única, este UUID también esta almacenado internamente en el archivo de imagen.

VirtualBox se negará a trabajar con dos imagenes que usen el mismo UUID, para clonar un disco duro virtual en VirtualBox necesitamos el UUID de la maquina que usaremos como origen.

Listando maquinas virtuales existentes para obtener el UUID:

$ VBoxManage list vms
VirtualBox Command Line Management Interface Version 3.0.12
(C) 2005-2009 Sun Microsystems, Inc.
All rights reserved.
"plantilla-karmic-i386" {a81882fc-04c5-498c-8f40-ef32499b271d}

plantilla-karmic-i386 es el Nombre de la maquina virtual y su respectivo UUID es:
a81882fc-04c5-498c-8f40-ef32499b271d.

Ahora necesitamos obtener el UUID del disco duro de la maquina virtual plantilla-karmic-i386, para obtener el UUID del disco podemos usar:

$ VBoxManage showvminfo plantilla-karmic-i386 | grep vdi
Primary master: /media/virtdiscs/VMachines/VirtualBox/HardDisks/plantilla-karmic-i386.vdi (UUID: bf71bfe6-bf26-45fa-8809-bc2428218f0e)

El UUID del disco duro de la maquina virtual es: bf71bfe6-bf26-45fa-8809-bc2428218f0e

Ahora clonamos el disco duro con el comando:

$ VBoxManage clonehd bf71bfe6-bf26-45fa-8809-bc2428218f0e /media/virtdiscs/VMachines/VirtualBox/HardDisks/mail-karmic-i386.vdi
VirtualBox Command Line Management Interface Version 3.0.12
(C) 2005-2009 Sun Microsystems, Inc.
All rights reserved.
0%...10%...20%...30%...40%...50%...60%...70%...80%...90%...100%
Clone hard disk created in format 'VDI'. UUID: 7b8d85a8-9598-46ad-b900-8a6dbe547b6c

NOTE el UUID del nuevo disco duro: UUID: 7b8d85a8-9598-46ad-b900-8a6dbe547b6c

Si usted trató de clonar un disco duro virtual de VirtualBox copiando el archivo de imagen con otro nombre tendrá que asignar un nuevo UUID al nuevo archivo, por ejemplo:

$ VBoxManage internalcommands setvdiuuid micopia-karmic-i386.vdi
VirtualBox Command Line Management Interface Version 3.0.12
(C) 2005-2009 Sun Microsystems, Inc.
All rights reserved.
UUID changed to: b833eefd-4b10-4637-80e1-b19c7811b9c9

Ahora registramos el nuevo disco duro virtual:

$ VBoxManage openmedium disk /media/virtdiscs/VMachines/VirtualBox/HardDisks/mail-karmic-i386.vdi
VirtualBox Command Line Management Interface Version 3.0.12
(C) 2005-2009 Sun Microsystems, Inc.
All rights reserved.

Y por último verificamos que este registrado con:

$ VBoxManage showhdinfo /media/virtdiscs/VMachines/VirtualBox/HardDisks/mail-karmic-i386.vdi
VirtualBox Command Line Management Interface Version 3.0.12
(C) 2005-2009 Sun Microsystems, Inc.
All rights reserved.
UUID: 7b8d85a8-9598-46ad-b900-8a6dbe547b6c
Accessible: yes
Description:
Logical size: 8192 MBytes
Current size on disk: 864 MBytes
Type: normal (base)
Storage format: VDI
Location: /media/virtdiscs/VMachines/VirtualBox/HardDisks/mail-karmic-i386.vdi

Para usar este nuevo disco duro use el asistente para crear maquinas virtuales y cuando llegue a la parte en donde tiene que agregar un disco duro elija la opción “use existing virtual disk” y seleccione el disco duro que registro en el paso anterior.