Como hacer un parch usando las herramientas diff y patch:

Digamos que haremos los parches para squid, por lo que tendremos que modificar
el archivo src/Makefile .in

A este archivo le deberiamos de modificar unas lineas para cambiar las rutas de
los logs:

-DEFAULT_LOG_PREFIX = $(localstatedir)/logs
+DEFAULT_LOG_PREFIX = $(localstatedir)/log/squid

La ruta de el archivo pid y la ruta a el directorio donde estara almacenado el
cache:

-DEFAULT_PID_FILE = $(DEFAULT_LOG_PREFIX)/squid.pid
-DEFAULT_SWAP_DIR = $(localstatedir)/cache
+DEFAULT_PID_FILE = $(localstatedir)/run/squid.pid
+DEFAULT_SWAP_DIR = $(localstatedir)/spool/squid

La ruta de el directorio de los iconos, los archivos con mensajes de error, la
ruta a el archivo de el mib:

-DEFAULT_ICON_DIR = $(datadir)/icons
-DEFAULT_ERROR_DIR = $(datadir)/errors/@ERR_DEFAULT_LANGUAGE@
-DEFAULT_MIB_PATH = $(datadir)/mib.txt
+DEFAULT_ICON_DIR = $(pkgdatadir)/icons
+DEFAULT_ERROR_DIR = $(sysconfdir)/errors
+DEFAULT_MIB_PATH = $(sysconfdir)/mib.txt

Y algunas otras lineas mas.

Entonces se hace por ejemplo una copia de Makefile.in a Makefile.in.build y se modifica
archivo original, en este caso el Makefile.in, y se hace el parche resultante
asi:

$ diff -Naur squid-2.5.STABLE9/src/Makefile.in.build \
squid-2.5.STABLE9/src/Makefile.in > squid-2.5.STABLE9-src.patch